Христианство пришло в Египет в середине первого века нашей эры. После приезда в 65 году в Александрию святого Марка там была создана первая христианская церковь.
Для противодействия философии язычников святой Марк организовал в Александрии христианскую школу. Она стала первым в мире центром христианской философии и теологии.
Египетская церковь внесла большой вклад в создание системы христианской теологии. В этот период изменилась письменность египтян. Сложился коптский язык, основанный на древнеегипетском языке, но с греческой графикой и добавлением некоторых букв. В Александрийской школе на коптский язык была переведена Библия. Именно в Египте сложилась христианская традиция постов и праздников.
Коптская архитектура во многом сохранила дух Древнего Египта, но добавила в него греческие и римские черты. Замечательные образцы этой архитектуры - коптские церкви, построенные в пятом веке. Однако многие древнеегипетские храмы были разрушены или осквернены коптами. Настенная роспись была стерта, глаза богов выколоты (копты считали, что через нарисованные глаза бог может пробраться на этот свет). Потолки многих храмов закопчены – коптские священники жгли в них костры.
Однако изобразительное искусство коптов все же продолжило древнеегипетские традиции в виде цветных настенных фресок.
В коптский период родилась церковная музыка, вобравшая в себя музыкальную культуру древних египтян. До сих пор многие гимны, исполняемые в коптских церквях, имеют древнеегипетские названия.